Graphpad，经典绘图工具初学初探

大多数科研文章都离不开图表，尤其是图，熟悉一些绘图软件，并将图在文章和PPT中展示出来，是科研训练的重要内容。漂亮的文章配图能给自己的工作加不少分，生信宝典推出R的系列教程 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 讲解通过R语言绘制高颜值图。后来为了更加方便使用，生信宝典团队开发了在线绘图工具 www.ehbio.com/ImageGP ，支持14中常见图形和部分扩增子分析，深受欢迎，日均访问400次，累计访问数十万次，遍及世界各大洲，功能也在一直增加完善中。

后台不少朋友说有更多绘图的需求，故整理了 Graphpad 的使用，一是传播知识，二是向优秀软件学习，让 在线绘图 越来越好。 Graphpad ， Origin和SigmaPlot 是科研领常用的三款统计作图软件，他们各有优缺点，经常需要配合使用。

今天给大家介绍的是Graphpad的基本使用方法

下面是Graphpad的欢迎界面

从 方框1 处可知Graphpad Prism 6为用户提供了 6种 基本统计图表选择； 方框2 处是对所选类型图表的解释说明，点击 Learn more 查看官方帮助文档； 方框3 处可以选择某一类型图表下的小分类； 方框4 处则提供了演示数据集，方便新手入门。

6种统计图表类型的说明和使用的统计方法介绍如下：

在此选择 grouped 下提供的第二个现成数据集进行作图演示。选好后直接点击 creat 即可。

上一步之后我们便进入了graphpad操作的主界面，

方框1 处展示的是我们的数据，每个大组表示三种不同的细胞系（wild-type cells、GPP5 cell line和GPP7 cell line）；每行表示不同的处理（血清饥饿和正常培养）；每组5个平行重复。

该实验数据存在缺失值，如第一行的A:Y4。

方框2 处是一个 目录树

导入数据后，点击 Graphs 即可出图，如下：

在这个界面中，可以根据自己的需求改变图的类型。初学者要敢于 乱点 ，自己试试不同的选项，就能知道每部分是什么功能了。（ 尝试出真知 ）

上面初步作出的统计图并没有展示诸如组间差异的统计分析结果，那我们要怎么添加 * 以展示组间差异呢？

在欢迎界面有 enter and plot error values already calculated elsewhere 选项，说明可以从外部导入在别处做好的统计分析结果，那是要去其他地方做好计算再来作图吗？

不需要！因为Graphpad上便可直接做统计分析！！！虽然可以在别的地方先做好分析，但是并不建议这样做，直接一个操作更便捷。

首先确定我们的分析目标：

1）评估细胞系之间的差异是否超过预期；
2）评估处理之间的差异是否超过预期的偶然性；
3）评估处理之间的差异是否与每种细胞系一致；
4）计算不同处理的细胞系之间差异的95％置信区间。

因此我们需要进行 两因素的方差分析 ，点击 Analyze ，从Grouped分析列表中选择 Two-way ANOVA ，并接受对话框中的所有默认选项。Graphpad人性化之处在于，会自动识别当前分析的数据结构，给用户展示出最优的默认分析选项。

之后的具体分析便需要一定的统计学知识了，初生牛犊别怕试，你会发现点击不同的选项时，图示也会跟着变化，十分方便用户理解。

1）第一部分：实验设计，最开始提到了该组数据是非配对的，选第一；
2）第二部分：多重比较选择，就是你想要横着比还是竖着比或是斜着比；
3）第三部分：选择做统计分析的一些参数。

上面都设置好后，点击 OK ，分析结果会展示到操作主界面，并且保存到左侧 目录树 下的 Results 文件夹中。

1. 图形编辑工具栏介绍

1）第一部分：文档操作模块，跟office类似，如打开、新建、保存、复制粘贴等；
2）第二部分：数据分析，即之前演示的对录入数据进行统计分析；
3）第三部分：图形编辑，这部分是该软件的精华所在。可对图形进行例如图形类型、坐标轴、误差棒、图形大小、颜色等编辑更改；
4）第四部分：文字编辑，可以在统计图上插图线条、添加文字等；
5）第五部分：图形输出，可将做好的图导出、打印或输出到word/PPT中。

2. 根据之前的统计分析结果，利用文字编辑工具给统计图添上组间差异的标志

1）draw：可以插入不同形状的线；
2）write：编辑文字，插入公式等；
3）双击图形中的任一元素，可对文字、线条等进行形状、大小、粗细等编辑

3. 坐标轴调整

点击 Change 中的 第二个图标 ，或者在图中 双击坐标轴 ，调出坐标调整工具；

坐标轴整体设置和X轴设置，见图解，一般不做太多改动；

重点讲解如何设置Y轴，做出 截断图 ，这是统计作图中常见的问题。

之前的数据相差不大，不太适合做演示，故另外生成了一个柱状图。左边柱子值太大，右边柱子值太小，右侧的柱子几乎消失了，使图看起来很不协调。做一个 截断图 可以很好地解决该问题。

1）点击坐标设置中的 Left Y axis （一般作图默认只生成左边的Y轴）；
2） Gaps and Direction 处选择 Two segments ，即将Y轴断裂成两部分（根据实际数据，还可以选择将Y轴断裂成3段）；
3）在 Segment 处，对下段（Bottom）和上段（Top）的Y轴分别设置参数（Rang）；
4）然后在 Regularly spaced ticks 下的 Major ticks interval 处设置Y轴数值标签；

length：50%，上下段的长度各一半；
minimum：下段最小值0，上段最小值150；
maximum：下段最大值10，上段最大值200；
Major ticks：下段每格大小为2，上段每格大小为10。

这样便将Y轴10-150中间部分截掉了，整个图便显得好看多了。

4. 颜色修改

点击 Change 中的 最后一个图标 ，或者在图中 双击柱子 ，调出调整参数的工具框；

利用graphpad做统计图的基本操作大概就是以上这些内容，掌握一个工具的使用方法并不难，多试试便会了。难的是背后的统计学知识，如何对自己的数据选择合适的统计分析方法？当掌握不同分析方法适用于哪些数据结构后，便可以举一反三，对不同实验设计的数据做合适的分析了。

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cad软件快捷键命令
答：所有定义的快捷命令都保存在ACAD.PGP文件中(ACAD.PHP存放在系统盘下的autodesk文件夹SUPPORT子目录下，快捷操作，直接选取菜单：工具-自定义-编辑自定义文件-程序参数pgp,修改后保存，命令行输入reinit重新加载即可！[1])，我们可以通过修改该文件的内容来定义自己常用的快捷命令。

怎样创网站?
答：这是一款十分适合动态Web制作的工具。另外,个人网站制作者还需了解W3C的HTML4.0规范、CSS层叠样式表的基本知识、javascript、VBScript的基本知识。对于常用的一些脚本程序如ASP、CGI、PHP也要有适当了解,还要熟练使用图形处理工具和动画制作工具以及矢量绘图工具,并能部分了解多种图形图像动画工具的基本用法,熟练使用FTP工具...

怎样做网站
答：另外,个人网站制作者还需了解W3C的HTML4.0规范、CSS层叠样式表的基本知识、javascript、VBScript的基本知识。对于常用的一些脚本程序如ASP、CGI、PHP也要有适当了解,还要熟练使用图形处理工具和动画制作工具以及矢量绘图工具,并能部分了解多种图形图像动画工具的基本用法,熟练使用FTP工具以及拥有相应的软硬件和网络知识也是必...