名侦探柯南 中哪几集与黑色组织有关？提到也算。麻烦详细些 名侦探柯南中哪几集是和黑衣组织有关的?
01集 云霄飞车杀人事件
54集 电玩公司杀人事件
118集 浪花连续杀人事件
128集 黑衣组织十亿元抢劫事件(部分情节为动画原创)
129集 来自黑衣组织的女子集大学教授杀人事件
176集 与黑衣组织的再会(灰原篇)
177集 与黑衣组织的再会(柯南篇)
178集 与黑衣组织的再会(解决篇)
230集 神秘的乘客(前篇)
231集 神秘的乘客(后篇)
271集 急忙掩饰的忽略(前篇)
272集 急忙掩饰的忽略(后篇)
286集 工藤新一纽约事件(事件篇)
288集 工藤新一纽约事件(解决篇)
289集 光彦森林迷失记(前篇)
290集 光彦森林迷失记(后篇)
307集 遗留的无声证言(前篇)
308集 遗留的无声证言(后篇)
309集 与黑衣组织的接触(交涉篇)
310集 与黑衣组织的接触(追迹篇)
311集 与黑衣组织的接触(决死篇)
338集 四辆保时捷(前篇)
339集 四辆保时捷(后篇)
340集 厕所里隐藏的秘密(前篇)
341集 厕所里隐藏的秘密(后篇)
345集 与黑衣组织的直面对决集满月之夜的双重谜案
425集 黑暗冲击!黑衣组织的魔爪伸来的瞬间
462集 黑衣组织的影子集年幼的目击者
463集 黑衣组织的影子集奇妙的照明
464集 黑衣组织的影子集谜样的高额报酬
465集 黑衣组织的影子集珍珠的流星
484集 黑色照片的去向(前篇)
485集 黑色照片的去向(后篇)
491集 红与黑的碰撞集开端
492集 红与黑的碰撞集血缘
493集 红与黑的碰撞集绝叫
494集 红与黑的碰撞集冥土
495集 红与黑的碰撞集昏睡
496集 红与黑的碰撞集侵入
497集 红与黑的碰撞集觉醒
498集 红与黑的碰撞集搅乱
499集 红与黑的碰撞集伪装
500集 红与黑的碰撞集遗言
501集 红与黑的碰撞集嫌疑
502集 红与黑的碰撞集洁白
503集 红与黑的碰撞集决死
504集 红与黑的碰撞集殉职
563集 侦探团VS强盗团(骚动)
564集 侦探团VS强盗团(沉默)
578集 召唤危机的红色前兆
579集 黑与13的暗示
580集 逼近的黑色时刻
581集 红色的摇摆目标
667集 婚礼前夜(前篇)
668集 婚礼前夜(后篇)
671集 侦探们的夜想曲(案件)
672集 侦探们的夜想曲(绑架)
673集 侦探们的夜想曲(推理)
674集 侦探们的夜想曲(波本)
681集 以性命为赌注的恋爱转播(转播开始)
683集 以性命为赌注的恋爱转播(现场突入)
699集 逼近灰原秘密的黑影(前篇)
700集 逼近灰原秘密的黑影(后篇)
701集 漆黑的特快列车(发车)
702集 漆黑的特快列车(隧道)
703集 漆黑的特快列车(交叉)
704集 漆黑的特快列车(终点)
705集 密室中的柯南
706集 解谜的波本
722集 香甜冰凉的快递(前篇)
723集 香甜冰凉的快递(后篇)
734集 茱蒂的追忆与赏花的陷阱
739集 小五郎在酒吧里(后篇)
740集 小兰也倒在浴室里了(前篇)
770集 气氛僵硬的茶会(前篇)
771集 气氛僵硬的茶会(前篇)
779集 绯色的序章
780集 绯色的追寻
781集 绯色的交错
782集 绯色的回归
783集 绯色的真相
813集 悄悄靠近安室的黑影
836集 关系不好的女子乐队(前篇)
837集 关系不好的女子乐队(后篇)
861集 与17年前一样的案发现场(上集)
862集 与17年前一样的案发现场(下集)
863集 灵魂侦探被杀事件(上集)
864集 灵魂侦探被杀事件(下集)
866集 背叛的舞台(上集)
867集 背叛的舞台(下集)
扩展资料：
与黑暗组织的相关剧场版——
1、通往天国的倒计时
剧情简介：柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。
一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋几乎一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士，不久之后第一个杀人事件发生了。而且，令人不敢相信的是黑衣组织的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁联络。
2、漆黑的追踪者
剧情简介：一年一度的七夕即将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情，毛利小五郎也被邀请参加，柯南则偷偷听取了会议的内容。
会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危险正向他和身边的人急速袭来…
3、异次元的狙击手
剧情简介：风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。
在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂•斯泰琳介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入低谷。
4、纯黑的噩梦
剧情简介：漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。
第二天，柯南和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德冷冷地注视着这一切。
在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中…
1、第1集：云霄飞车杀人事件；
2、第54集：电玩公司杀人事件；
3、第118集：浪花连续杀人事件；
4、第128集：黑衣组织十亿元抢劫事件；
5、第129集：来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件；
6、第176集：与黑衣组织的再会（灰原篇）；
7、第177集：与黑衣组织的再会（柯南篇）；
8、第178集：与黑衣组织的再会（解决篇）；
9、第309集：与黑衣组织的接触（交涉篇）；
10、第310集：与黑衣组织的接触（追迹篇）；
11、第311集：与黑衣组织的接触（决死篇）。
组织详情：
该组织的真实名称不详，片中一般以“黑衣（黑暗）组织”、“组织”代称，组织的组成结构和目的也不明显。
但可以肯定，黑衣组织是一个势力很广的大型犯罪组织，资产雄厚，并且在日本政界、经济界和科学界有很深的人脉。
惯用手法是在医学界，财经界，科学界吸收一些未来很有前途的人，再暗中以金钱收买。并且聚集大量资金，开发谜样的药物以及足以影响全人类未来的程序。
FBI和CIA在多年前就已经介入了对组织的调查。
001 云霄飞车杀人事件054 电玩公司杀人事件128 黑衣组织十亿元抢劫事件129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件176 与黑暗组织的再会（灰原篇）177 与黑暗组织的再会（柯南篇）178 与黑暗组织的再会（解决篇）230 迷一样的乘客（前篇）231 迷一样的乘客（后篇）271 隐藏匆忙中的省略（前篇）272 隐藏匆忙中的省略（后篇）286 工藤新一NY事件（事件篇）287 工藤新一NY事件（推理篇）288 工藤新一NY事件（解决篇）307 遗留的无声证言（前篇）308 遗留的无声证言（后篇）309 与黑暗组织的接触（交涉篇）310 与黑暗组织的接触（追迹篇）311 与黑暗组织的接触（决死篇）338 四台保时捷（前篇）339 四台保时捷（后篇）340 厕所隐藏的秘密（前篇）341 厕所隐藏的秘密（后篇）345 与黑暗组织的直面对决 满月之夜的二元推理425 黑色的冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间462 黑暗组织的影子 年幼的目击者463 黑暗组织的影子 奇妙的照明464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬465 黑暗组织的影子 珍珠的流星491 红与黑的碰撞 开端492 红与黑的碰撞 血缘493 红与黑的碰撞 疾呼494 红与黑的碰撞 冥土495 红与黑的碰撞 昏睡496 红与黑的碰撞 侵入497 红与黑的碰撞 觉醒498 红与黑的碰撞 搅乱499 红与黑的碰撞 伪装500 红与黑的碰撞 遗言501 红与黑的碰撞 嫌疑502 红与黑的碰撞 洁白503 红与黑的碰撞 决死504 红与黑的碰撞 殉职563 侦探团VS劫匪团 骚动564 侦探团VS劫匪团 沉默578 召唤危机的红色前兆579 黑色13的暗示580 逼近的黑之时限581 摇曳的红色目标667 婚礼前夜（前篇）668 婚礼前夜（后篇）671 侦探们的夜想曲（案件）672 侦探们的夜想曲（绑架）673 侦探们的夜想曲（推理）674 侦探们的夜想曲（波本）681 以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）
以下是名侦探柯南中涉及黑色组织的几集：1. 第1-2话《名侦探柯南前篇：工藤新一的挑战状》以及第48话《名侦探柯南后篇：工藤新一失踪事件 交响情人梦》：黑衣组织首次登场，工藤新一在尝试调查时遭到毒针袭击，被迫变成小学生柯南。2. 第129-130话《卡帕莉邮局的追踪！暗号是10年前》：柯南打听卡帕莉邮局时得知他们和黑衣组织有联系，随后被组织成员酒井法子和宫野志保绑架。3. 第176-178话《银翼的魔术师》：柯南调查魔术师派对时，与黑衣组织成员烧那裕也和安室透有过交手。这一篇中也暴露了组织成员的代号。4. 第345-347话《高空的雄鹰》：柯南与日本特种部队一同调查恐怖分子，结果却遭到黑衣组织成员的袭击。5. 第491话《明星的意图》：柯南等人调查爆炸事件时，发现了组织成员烧那裕也的藏身之处。6. 第700-704话《特别篇：纯黑的噩梦》：柯南等人一起前往美国，试图追踪黑衣组织。他们通过假扮组织成员等手段，成功了解了组织的一些内幕。7. 第898-900话《交错的目视线》：柯南获得了黑衣组织成员酒井法子的记忆碎片，并通过这些片段揭露了组织的某些计划。总的来说，各个涉及黑衣组织的剧情都比较复杂，如果想更好地理解，建议大家可以去看一下具体的剧情介绍。
1 云霄飞车杀人事齤件 新一在与青梅竹马的毛利兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小。
2 董事长千金绑架事齤件 阿笠博士知道新一的真实身份。工藤新一决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学。
4 大都会暗号地图事齤件 少年侦探团成立。
5 新干线爆破事齤件
52 雾天狗传说杀人事齤件 漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事齤件片头）。
43 江户川柯南诱拐事齤件 工藤夫妇得知柯南身份。
48-49 外交官杀人事齤件 服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复。
54 电玩公司杀人事齤件 柯南偶遇黑暗组织的成员龙舌兰，但其被炸死。
57-58 福尔摩斯迷杀人事齤件 服部平次知道柯南身份，并开始合作。
128 黑暗组织10亿抢劫事齤件 灰原哀的姐姐宫野明美被琴酒杀害。
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事齤件 宫野志保也变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出药名是APTX4869，转入帝丹小学。
130-131 竞技场无差别胁迫事齤件 灰原哀透露组织半个世纪前已经策划某个大计划。
176-178 与黑暗组织的再会 柯南和灰原在放学回家的路上，发现了琴酒的保时捷车，于是对其进行跟踪，却被琴酒发现了车上装的跟踪器。但是柯南依然打听到了黑暗组织准备在杯户饭店由组织代号为Pisco的成员进行暗杀活动。柯南和灰原赶到杯户饭店，琴酒却早已将雪莉在跟踪自己的事通知了Pisco，并告诉他雪莉必然也会去杯户饭店。匹斯可在暗杀得手后偶见到灰原，认出了她是雪莉，于是用麻药迷昏后藏在饭店的酒窖里。柯南在和灰原取得联系后，让她试着喝下白干。于是灰原也变回了成人体形，并因此得以从烟囱逃至饭店顶楼。不料琴酒和伏特加早已在顶楼。在琴酒的拷问下灰原拒不说出离开组织后的行动，身中数枪。这时柯南赶到，用麻齤醉枪击中了琴酒，同时灰原再次由烟囱逃回酒窖，此时白干效力已过，灰原身体变回。既而匹斯可终于露出他的真实面目，在他准备处决灰原时，柯南再次赶到上演英雄救美，而匹斯可则因为暗杀过程中出现了不可挽回的失误被琴酒灭口。（当时贝尔摩德也在现场，事后息影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员）。
170-171 黑暗中的死角 新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。（新出正式登场）
贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，并开始假冒新出智明的身份。另一方面，长大的茱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在察觉了贝尔摩德的企图后暗中救下新出智明，并且自己以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视。
188-193 危命的复活 柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及茱蒂老师发现。
226-227 格斗游戏的陷阱 茱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案（这是茱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕）。
230-231 神秘的乘客 本集刚开始时琴酒和贝尔摩德的一段戏就表明了本集和主线有关。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的茱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救 （现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩德，而茱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪，好在在柯南的掩护下无论是茱蒂或是贝尔摩德都没有发现到哀。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人，应该是协助茱蒂监视贝尔摩德）。
253-254 本厅刑事恋爱物语4 新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258-259 来自芝加哥的男子 柯南等人认识了来自芝加哥的老人“詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。同时詹姆士也发现柯南的不一般，称呼柯南为福尔摩斯、Cool Guy。
269-270 犯罪的纪念品事齤件 目暮提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利。
271-272 匆忙之中的忽略 柯南又一次在茱蒂面前破案（这一集有几点值得注意：一是茱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（赤井秀一）；最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保（哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片）。
277-278 西部名侦探vs英语老师 案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对茱蒂的试探未果。（这一集的重点就是在最后茱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是茱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀。另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出）。
286-288 工藤新一纽约事齤件 毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事。
289-290 光彦森林迷失记 灰原哀提到沼渊己一郎是组织成员一事。
307-308 无声的证据 小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事齤件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记（案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，提到了宫野明美）另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇。
309-311 与黑色组织的接触 柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被Gin抓到（最后柯南和哀离开时，“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉；板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，要使时光倒流）。
329-330 金钱买不到的友情 阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划。
335-336 东都现象所的秘密 少年侦探团遇到杀人事齤件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的整个过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃 （最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是茱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息）。
338-339 四辆保时捷 哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和茱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面 （这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃齤听器）。
340-341 厕所里隐藏的秘密 博士家被窃听，博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友，设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀的父亲的事。当然在设计所免不了又发生命案，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。（哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情，不过出于青山爱卖关子的癖好，我们对此仍一无所知。另外在故事的最后，贝尔摩德打电话找组织成员“卡尔多瓦斯”（即苹果酒）来帮忙，正策划着某项行动）。
343-344 便利店的陷阱 茱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务（显然是也将有所行动），不过在兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片，觉得十分可疑，于是后来在满月之夜双重谜案的时候偷偷钻进茱蒂老师车子的后备箱，并在最后关头救了哀。另一方面，贝尔摩德不向兰开枪并叫她angel，显然她不想伤害兰，很多人认为是当时她变装银发杀人魔时新一和兰救了她的缘故。
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事齤件 贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解茱蒂的真正身份，躲在了茱蒂的汽车的后备箱里……真是错综复杂。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知。（柯南听到了贝尔摩德给Boss/那位先生/组织头目发邮件时的按键音）。
374-375 星星和香烟的暗号 山村警官给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县。
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 柯南等人去一钢琴世家，知道了那天听到的按键声就是七个孩子的曲子。
394-396 奇异屋宇大冒险 柯南得知Boss的手机号。
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间 小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃齤听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在艾迪P暗杀一个代号为DJ的人的计划。遭到FBI与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒。（在这一集中，出现了两个新黑衣组织成员：狙击手基安蒂、科恩）
429-430 无法回头的二人 本堂瑛祐登场。
462-465 黑暗组织的影子 贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意。小兰的新同班同学本堂瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。目击水无怜奈出事的小孩被疑似贝尔摩德不明女人询问，并出现了贝尔摩德的口头禅。
484-485 黑色照片的去向 柯南和灰原哀进行调查，得到一张本堂瑛祐父亲的照片。本堂瑛祐及水无怜奈的身份越来越清晰了。
491-504 红与黑的碰撞 本堂瑛祐总给柯南不好的感觉。他四处寻找自己的姐姐本堂瑛海。本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。与此同时，黑暗组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。
507-508 卡拉OK包房的死角 本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪。
509 红白黄色与侦探团 水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本（Bourbon)。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？
511 推理对决！新一VS冲矢昴 柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。
521 杀人犯 工藤新一 工藤新一第三次恢复。
524-525 憎恨的蓝色火花 柯南和冲矢昴配合默契。
542-543 鱼儿消失的一角岩 灰原哀再次感到冲矢昴的压迫感。
563-564 侦探团VS强盗团 脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手齤枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南。（根据漫画，此人为右撇子）
赤井秀一很喜欢喝波本酒。
578-581 召唤危机的红色前兆、黑与13的暗示、逼近的黑色时刻、红色的摇摆目标 疑似赤井秀一的人再度出现，同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条（究竟是谁留下的并没明确指出，但茱蒂认为是赤井秀一留下，且伤疤男即是赤井秀一）。此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，但伤疤男未发现他。伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。
616-621 福尔摩斯的默示录 工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且也是他第一次向毛利兰正面表白；并且表明工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。
622-623 紧急事态252 阿笠博士被绑架，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑。
646-647 幽灵旅馆的推理对决
648-650 侦探事务所笼城事齤件
自称侦探的世良真纯登场，并转入帝丹高中。
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决 茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。
656-657 博士的视齤频网站 世良在第一眼看到博士上传的视齤频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况，可见她对灰原有很大兴趣。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视齤频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。
667-668 婚礼前夕 自称侦探的安室透登场，在事齤件解决完毕后自愿成为小五郎的弟子。
671-674 侦探们的夜想曲 冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。
贝尔摩得给波本打了电话，同一时间冲矢、世良和安室正在接听电话，波本似乎就是这三人其中之一。
675-676 一丁点都不原谅 世良似乎对新一早就有了解的样子，并对灰原也表现出兴趣。世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤秀一的存在后对其相当关注。
灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。
请问大家名侦探柯南中有哪几集是说与黑衣组织有关的事啊？~
001云霄飞车杀人事件，
新一和青梅竹马的毛利兰一起去多罗碧加游乐场玩，在乘坐云霄飞车时遭遇了杀人事件。成功解决案件后，新一跟踪两个神秘的黑衣男子，并目击了一名黑衣男子进行现金交易的现场，正当他全神贯注的时候，不料另一名黑衣男子突然从背后出现，将新一击倒，并灌下了组织新开发的毒药，新一感觉自己的骨头都要裂开了。。。
054电玩公司杀人事件
，在参加满天堂游戏公司的新作发布会时，柯南意外听见黑衣组织成员之一的Tequila给VODKA打电话。不过Tequila旋即被误炸身亡。他本来的目的是想与电玩公司职员中岛交易获得全世界最有才华的程序设计师的名单，柯南迅速赶往中岛经常与之见面的酒吧时，那里却发生了爆炸，线索也随之灰飞烟灭。
128 黑暗组织10亿元抢劫事件，
因为之前与漫画对应的“013奇怪的寻亲杀人事件”被改编，因此动画在这里添了一集，重新讲述了灰原的姐姐宫野明美被琴酒所杀的情节，为之后灰原出现作铺垫。通过GIN与宫野明美的对话我们得知，与仅仅是组织小卒的姐姐不同，宫野志保是组织里少数有头脑的人之一。
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件，
组织代号SHERRY的宫野志保因姐姐被杀以停止APTX4869研究的方式表示抗议，结果被组织囚禁在瓦斯室。绝望的她服下了藏着的APTX4969想要自杀，没想到与新一一样没被毒死而身体缩小成儿童时期模样，得以挣脱了手铐从垃圾信道逃了出来。因为她之前已经从对新一家的调查中发现新一也变小了，所以新一成了她唯一的希望，最后疲惫的她倒在新一家门口，被隔壁的阿笠博士所救，并寄住博士家里，以一名转校生的身份成为了柯南的同班同学和少年侦探团成员。柯南因此得知了导致他变小的药的名字和大概信息，不过灰原却暗示此药原本的用途不是毒药。两人取回了错寄在广田教授家的存有药物资料的软盘正要查看时，不料电脑却被软盘里的暗夜男爵病毒感染，结果资料全毁。灰原虽然隐藏了起来，但是组织却没有放弃寻找叛徒的努力，柯南与灰原也就从此卷入了对组织侦查与反侦察的大戏中。不过灰原好像也没有透露更多组织的情报，此时的她对组织有着极度的恐惧感。
170-171黑暗中的死角，
新出智明的父亲被其继母杀害，小五郎在柯南的协助下破案，乍看与主线毫无关系，之后的剧情却表明这里是青山历时两年的一个大伏笔，也是真正的新出智明在三方对决前唯一的一次出场。为保护无辜的女佣，警方修改的了案件的纪录，隐瞒了真实的作案手法，这一点只有真正的新出知道，日后也被朱蒂用来指证贝尔摩得假扮的新出智明。这时候新出只是帝丹高中篮球队的临时教练而不是校医，真新出本来是要去青森的医院工作而不是当校医，校医应该是VERMOUTH假扮成新出后为了调查当上的。从《361帝丹高中的学校怪谈（前篇）》中的柯南的话可以得到佐证。
另外值得一提的是在这一集里，因为新出智明，柯南吃醋了。
176-178 与黑暗组织的再会，
柯南和灰原意外发现了GIN停在路边的车子，于是柯南在车上装上了发信器与窃听器想获得组织的情报，虽然得知了黑衣组织成员之一PISCO将在杯户饭店暗杀吞口议员的计划，但是窃听器被Gin发现并毁掉，而且他也通过遗留在车里的茶色头发联想到了SHERRY，并肯定她会在酒店现场出现。（一根茶色头发就联想到了灰原，更证明了灰原在组织里不是个一般人物。）柯南与灰原潜入宴会想阻止暗杀计划，不料非但没有来得及，而且灰原也不幸被PISCO识破身份并绑架囚禁在酒窖中。柯南一方面利用警察拖住嫌疑犯PISCO，一方面提醒灰原喝下白干成功恢复为SHERRY从壁炉逃出。不料GIN正在屋顶守株待兔，并开枪向SHERRY射击，在这千钧一发的时刻，柯南携变声器出现用麻醉针射中了GIN，SHERRY得以趁机从烟囱逃生，并恢复成了灰原。PISCO这时也来到酒窖想杀死灰原，却被柯南揭破了身份，结果PISCO被GIN灭口，死前也没来得及说出灰原＝SHERRY的秘密。GIN在与柯南的对决中被麻醉针所伤，也发现SHERRY有骑士保护。这一集我们的得到了很多信息，通过PISCO的话，我们的得知灰原研究的药不是单纯的毒药（“进展到了这个阶段”），而且她是继承了父母的研究。从后来GIN与VERMOUTH的对话中，我们比柯南更早得知了VERMOUTH就是当时的在场的美国超人气女星克里斯宾雅德，是她将紫色手帕分给PISCO想替他掩盖罪行。后来柯南怀疑当时PISCO有同伙也是基于此。VERMOUTH在事件后熄影并在日本隐居下来，不过从她的话中却看不出是接受了组织寻找灰原的任务，而是要“弄清楚一直担心的事”。（本人推测，这个“一直担心的事”应该与寻找新一有关。VERMOUTH在组织中虽然很受BOSS宠爱，但是长期混迹于冰冷的黑色中的生活厌倦，她的内心深处其实一直期待有美好的事物出现，有一颗划破黑暗的银色子弹解脱这阴暗的生活。在NY事件中VERMOUTH认识了的聪明勇敢的新一和阳光善良的兰，两人都给她留下了深刻印象。纯洁善良的兰使她重新燃起了希望，相信世间有真善美的存在，她也从此称兰为ANGLE。新一那相信一切都可以做到的自信眼神和聪慧练达的洞察力，更使她认定新一就是那个能终结黑暗组织的银色子弹。VERMOUTH十分珍视两人这份纯真的感觉，因此后来也一直不愿伤害两人，还多次设法保护，甚至柯南不离开就不对灰原下手。因此当她得知新一被组织用APTX4869下毒一直神秘失踪时，这个深受她器重的新一的下落就成了她“一直担心的事”，她也在日本隐居下来开始寻找新一，因此我认为是VERMOUTH先发现柯南的身份，然后才发现了灰原。这里她极有可能结合了自身变年轻的经历想到了新一变小的可能性。我推测她当年由于某种巧合使自身细胞活化重组而变的年轻，而那时宫野教授正因为怀有细胞自死然后活化的激进理论而被人称为疯狂科学家，黑暗组织的BOSS看到了宫野教授细胞理论对其计划的巨大价值而给宫野教授提供资金和资源供其研究，而VERMOUTH的变年轻更给了宫野教授的理论以现实的支持。在宫野夫妇死去后，他们的女儿志保继承了研究，但药物并未完成，此实验阶段的药物造成了实验对象的大量死亡，并且毒素无法从尸体里验出，从而使组织看到了APTX4869作为毒药的可能性，并且还可以顺带做人体实验，从而擅自将其作为杀人工具，此举还引起了灰原的不满。）VERMOUTH决定从小兰入手寻找新一，因此她盯上了新出智明的身份，决心杀死他并冒充他的身份当上帝丹高中的校医进行秘密侦查。VERMOUTH利用女星克里斯宾雅德的身份频繁出入新出的诊所，调查新出的生活习惯和人际关系，准备伺机取而代之。这时从美国尾随她而来的FBI朱蒂等人也洞察到了VERMOUTH的举动，便设下骗局，使真正的新出在她面前“事故死去”，其实将之秘密转移，并且开始监视新出的诊所。VERMOUTH看见新出一家在自己眼前出了事故，虽然有些疑惑，但还是假扮成新出出现。
188-193危命的复活，
在这一系列中，VERMOUTH假扮的新出已经当上了帝丹高中和帝丹小学的校医。吃了灰原研制的解药后柯南短暂的变回了新一，并化妆成黑衣骑士与兰见面，却被化身为新出的VERMOUTH发现，而且被VERMOUTH偷偷拍下了照片，这一点可以从后来在朱蒂老师复制的照片那里得到佐证。VERMOUTH这时确认了新一没有死，但是由于当时灰原假扮的柯南也在场，因此还没猜到柯南=新一。有人说朱蒂这时也在场，照片有可能就是朱蒂拍的。朱蒂当时却是在场，从227格斗游戏的陷阱（后篇），她对兰夸奖舞会上的新一“SO COOL”来看，那天她一定见过新一。（这时朱蒂就已经潜进了学校这件事本身也证明了另一个事实，这时的新出就已经是VERMOUTH假扮的了。）可是除了那时有心调查新一的VERMOUTH会特别拍下照片外，都不知道新一是何方神圣的朱蒂怎么会特别拍下这个素未谋面的小子的照片呢？因此，照片还是VERMOUTH拍的。
226-227格斗游戏的陷阱，
朱蒂与柯南相识，并注意到他借助园子破案，因此她发现了柯南不简单，在临走时COPY了VERMOUTH在照片上对柯南的称呼――COOL GUY。（这一举动也暗示着VERMOUTH已经在她的房间贴上了柯南的照片，并且已经知道了柯南的真实身份。我推测这时候并没有贴出宫野志保的照片。）事后朱蒂打电话给同伴时，给VERMOUTH取了“腐烂的苹果”的代号。但她表示她的监视对象“换了个身份，正在上学”在当时也给了我们她监视的就是柯南的误导。
230-231迷一样的乘客，
刚开始时VERMOUTH与GIN的一段戏就表明了本集和主线有关，我们不但得到了VERMOUTH精于易容的信息，而且知道了她的目的是在日本寻找什么人，她的口头禅是A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕（青山在漫画中告诉我们这个人就是VERMOUTH），后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。朱蒂和赤井都是在监视VERMOUTH，好在在柯南的掩护下无论是朱蒂或是VERMOUTH都没有发现到哀。本集也是赤井秀一的第一次正式登场，不过他由于伪装感冒蒙着脸，灰原也因为柯南的保护没有露脸，所以两人都没有发现对方。当被制服的劫匪问朱蒂到底是谁时，她竟然也爆出了一句"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"! 难道朱蒂老师的真实身份便是VERMOUTH？这一集灰原的感觉使我们找出了三个嫌疑人，朱蒂，赤井和新出，另外值得一提的是新出（VERMOUTH）在车上有维护柯南的举动。少年侦探团在车上说，感谢新出医生前几天帮他们做内科检查，但是灰原缺席。（新出医生可能通过这次身体检查，确认了柯南就是新一的事实。而且证明了假新出当时的目的是新一而不是到哀，否则哀的身份早就被她发现了，这一点可以从“361帝丹高中的学校怪谈”得到印证。）这一集开始VERMOUTH发现了自己的诊所受到了FBI的监视，也知道自己化妆的假新出身份已被FBI所知。（这时FBI已经掌握了VERMOUTH诊所里柯南，小兰和舞会上新一的照片，但是这时应该还没有贴出志保的。）因此她开始采取一系列误导和利用FBI的措施，首先她故意偷走了与毛利相关的所有案卷，在《269-270犯罪的纪念品》可以知道。
258-259来自芝加哥的男人，
FBI头头登场。柯南等人认识了来自芝加哥的老男人“詹姆士 布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，其实是将计就计，试试柯南的本事。柯南破解出熊猫车的暗号，救出了布莱克。布莱克最后竟然也称呼柯南为COOL GUY，说明了他和朱蒂是一伙的。赤井接布莱克走的时候说他被恋人甩了，所以剪短了头发。PS：这一集赤井的长发和点烟的样子甚至让人怀疑他和GIN是同一人！赤井驾车出现时被柯南和灰原瞥了一眼，灰原有奇怪的反应。柯南说布莱克先生不是坏人，只是对詹姆斯这个名字与莫利亚蒂教授相同有些在意（与詹姆斯 莫利亚蒂――福尔摩斯的宿敌同名），同时怀疑赤井。
266-268情人节的真相，
京极真也带着黑色针织帽，被人看见，柯南以为是赤井，十分紧张。而小兰则说她可能认识这个带黑色针织帽的男人，引起了柯南的注意。
269-270犯罪的纪念品，
破获录像带杀人事件的时候，从高木那里得知公车劫持案那天，毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。（后来据VERMOUTH说，偷窃毛利小五郎相关的所有案卷是让人不知道她其实是在找新出一个案子的记录，她找新出案件的资料是为了瞒柯南等人，虽然FBI已经知晓她的真实身份，但为了不在与小兰，柯南等历经了案件的人的接触中露出马脚，她还是要掌握案件的资料，但没想到是被改过的。再送回来是误导FBI让他们以为她留在日本的目的是与毛利侦探有关，从而让FBI监视毛利事务所来暴露身份。）故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利，但给人以赤井监视柯南的的误导。还有柯南本来想问兰关于带黑色针织帽的男人的事，但是最终没有说出口。
271-272急忙掩饰的忽略，
柯南又一次在朱蒂面前破案。从朱蒂提醒兰有无人跟踪看，案卷被窃引起了FBI的警觉，朱蒂怀疑黑衣组织将对毛利不利。朱蒂在谈话中用鸵鸟一词来形容柯南小孩却有大人的智慧，并且提到了bureaus（事务所）代指FBI。（好像和后面出来的COMPANY代指CIA有点对应啊）本集结束时朱蒂说到了收割苹果的时候了，暗示FBI要对VERMOUTH采取行动了。VERMOUTH发邮件给GIN，提到了“久藏”雪利酒，并且向打了叉的宫野志保的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。（本人推测此时VERMOUTH已经通过在《188-193危命的复活》系列中柯南暂时恢复新一这一事实联想到志保可能就在附近给柯南配置解药，并且决定将其找出来加以消灭，她借助FBI监视诊所的机会贴出了SHERRY的照片作为靶子，希望FBI帮她找出SHERRY。）
277-278英语教师VS西部名侦探，
博士得知毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，于是请来平次帮助柯南。两人分析偷盗案卷的人是想把某个人引出来的圈套，然后柯南又回顾了PISCO案件，怀疑克里斯是他的同伙，并进一步怀疑朱蒂=克里丝。虽然两人长相完全不同，但柯南知道克里斯精于化装。于是两人去朱蒂的公寓试探，并拜托博士在网上调查克里斯的资料。在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。这一集的重点就是最后在朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南，兰和舞会上的新一的照片，并且照片上的字迹和VERMOUTH的一模一样。按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出医院，发现相关的照片后复制的。不过当时这些照片的出现，显然给了我们朱蒂=贝尔摩的的很大的误导，还有她最喜欢喝雪莉酒的提示更是使之雪上加霜。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
279-280迷宫的阴暗，
博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息，发现她就是美国已故大明星莎隆宾亚德的女儿。在母亲的葬礼上，她才第一次面对媒体。面对记者的追问，克里斯曾神秘的回答道：A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。另外，日本的前超人气女明星也出现在了莎隆的葬礼中，从画面看正是有希子。（我认为正是基于这个证据，柯南推理出了莎龙和克里斯其实是一个人。）
284-285中华街雨中的似曾相识，
286-288工藤新一NY事件，
承接前面兰回忆起的“带黑色针织帽的男子”，通过兰在发烧病倒时的回忆倒述了去纽约经历的黄金苹果事件。还交代了新一和兰和莎龙的初次见面，以及他们对银发杀人魔的救命之恩。最后提到真杀人魔其实是别人灭口的，后来得知假杀人魔正是VERMOUTH所扮，这次计划本来是将秀一引出并杀死，但是没有成功。
309-311与黑暗组织接触，
案子的开头柯南和兰遇到了赤井秀一，在谈话中赤井提到了一个表面坚强、暗地流泪的女孩。（估计应该是指宫野明美，他的女朋友。）有人提到，对赤井说兰“经常”哭感到难以理解，其实这是因为赤井曾经监视过毛利侦探所，因此多次看见兰暗暗哭泣。另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇的事情，获知了赤井FBI的身份，赤井的嫌疑大大降低。通过阅读板仓的日记得知，黑衣组织委托其开发一种危害人类的软件，但他并未最终完成。柯南诱骗VODKA改时间交易，试图冒充板仓与VODKA接头，从而想得到他的指纹和行踪的情报，不料即将成功之际，却由于GIN的忽然出现而功亏一篑，柯南还险些被发现，最后躲在储物柜里才侥幸得脱。最后柯南和哀离开的时候，在附近的赤井和哀好像对彼此都有所感觉。
335-336东都显影所的秘密，
有希子回到日本，接侦探团去东都显影所看电影。在路上有希子和柯南发现他们正在被人跟踪，柯南认为跟踪者不是冲着他就是冲着灰原来的，并且很有可能就是黑衣组织的人。其实后来得知是赤井手下的人在监视柯南等人，结尾处赤井还拍下了少年侦探团的照片，还看着哀说太像了，说明了FBI已经中了VERMOUTH的圈套，帮助她找到了变小的SHERRY。但是当时却让人觉得赤井很可疑。
338-339 4辆保时捷，
开头处柯南奇怪的骗博士说新出不在家，为什么不对博士老实说出对新出的怀疑？但后来不明情况的博士还是找来了新出给小哀看病，VERMOUTH假扮的新出就正式确认了哀就是SHERRY，并且在博士家装了窃听器，但是朱蒂同时也在场，所以那时我们将所有的怀疑都加到了朱蒂身上。结尾处VERMOUTH冷笑着用打火机烧掉了SHERRY的照片，并得意地自言自语道：“找到了……你准备好了吗？我来找你了！”VERMOUTH要准备采取行动了，真是山雨欲来风满楼啊。
340-341厕所隐藏的秘密，
柯南、灰原和博士去了灰原的父亲宫野博士生前工作过的事物所，想从那里得到一些黑衣组织的资料以及灰原父母的行踪。结果他们在厕所中找到了宫野明美放在那里的灰原妈妈留给灰原的磁带。这一集透露了很多内容，开头处柯南说了句“如果我的推理正确的话，我们应该已经不在人世了”，证明他已经知道新出是克里斯假扮的，而且明白灰原和他的身份已经暴露，正是不知道她为什么还没有采取行动。灰原找到了明美藏起来的录音带，她的母亲的面目也浮出水面，“Hell Angle”由此而来。在她母亲留给她的18岁生日末尾的话语中应该提到了某件惊人的事情，但是青山并没有说明。结尾处，VERMOUTH边从飞机场出来边用手机通着电话，从谈话中我们得知，她找来了一个叫Calvados（苹果酒）的组织成员，似乎是为她下一步要采取的行动做的一个重要部署。另外值得一提的是，在灰原的梦中，青山已经给出了VERMOUTH究竟装扮成了何人的暗示，眼睛没问题的话，一定就可以发现了。
343-344便利店的阴谋，
柯南发现工藤宅子有人来过的痕迹，而且不是小兰。朱蒂老师突然间辞去了帝丹高中英文教师的工作，说是想回美国了。（其实是要对VERMOUTH采取行动了）在告别派对上，小兰无意间在朱蒂的卫生间的镜子后面发现了朱蒂藏着的自己与柯南，灰原等人的照片，不禁疑云顿生。这也促使她下一集中偷偷躲在朱蒂后车厢里想调查她究竟想做什么。
345与黑衣组织直面对决满月之夜的二元推理,
柯南收到了VERMOUTH寄来的邀请新一去参加化妆舞会的信件，称呼竟然是江户川柯南！柯南知道自己的身份已经暴露并且决定开始行动，他一方面邀请服部假扮新一去参加化妆舞会，另一方面用麻醉针麻醉灰原后假扮成她的样子准备独闯组织。来接他的不是VERMOUTH假扮的新出，而是朱蒂！原来FBI也有自己的计划，他们准备先VERMOUTH一步接走灰原，引诱VERMOUTH跟踪至码头，然后实施抓捕。（柯南这时应该不确定朱蒂和新出谁是VERMOUTH，而且他俩还有可能是一伙的，所以他带上了窃听器）朱蒂在车上表明了FBI的身份后，柯南告诉了她新出一案（170-171黑暗中的死角）的真相，要求她利用此来揭穿VERMOUTH，以取得自己的信任。朱蒂揭穿了VERMOUTH同时是克里斯宾雅德和莎龙宾雅德，但在她招呼同伴要抓捕VERMOUTH时，不料却被埋伏的Calvados击伤。原来VERMOUTH棋高一着，她早就知道了FBI的抓捕计划，提前化妆成朱蒂来到码头，命令埋伏的FBI探员撤退了。而且VERMOUTH对FBI监视新出诊所也早已知晓，偷走案卷是为了引诱FBI暴露身份，贴出宫野志保的照片是利用FBI寻找目标。正当朱蒂形势危及时，另一边化妆的服部解决了舞会上的案子扯下了伪装，柯南也撕下面具用麻醉针控制住了VERMOUTH，柯南的筹划终于笑到了最后。但是这时风云突变，担心柯南安危的灰原利用备用的追踪眼镜忽然找来，反而破坏了柯南的大好计划，VERMOUTH趁机用麻醉针射中了柯南，并把手枪对准了灰原！就在这形势失控的时候，小兰忽然从朱蒂车子的后备箱跳出保护了灰原，赤井也及时出现迫使VERMOUTH不得不以柯南为人质逃离了码头。正当VERMOUTH向BOSS发邮件报告时，忽然发现柯南身上有发信器，原来柯南留了一手，他早料到VERMOUTH找到灰原后一定会向BOSS报告。VERMOUTH不得不承认放弃SHERRY，为了避免BOSS的邮件地址和身份泄露，VERMOUTH不得不使用了催眠瓦斯，并且朝自己开了一枪以保持清醒，毁掉发信器后狼狈逃离了现场。
425 Black impact！被组织的魔掌触碰的瞬间，
通过忘记取回的窃听器，柯南却发现了惊天的大秘密！原来电视台主持人水无怜奈也是黑衣组织的成员，柯南窃听到了她和GIN等人的暗杀计划，并成功阻止。不料琴酒发现水无鞋底的窃听器，小五郎反而受到他们怀疑，危在旦夕。好在秀一及时出现，击伤了GIN，将装窃听器的勾当揽到了FBI身上。VERMOUTH也又再次保护了毛利等人。代号KIR的水无怜奈在行动中受伤昏迷，被FBI送入杯户中央医院控制了起来。另外这一集中柯南得知了布莱克也是FBI的人。
429-430无法回到从前的两个人，
小兰的倒霉同学本堂英佑出场，眼睛长的和水无很像，好像注意到了柯南通过毛利破案，这让柯南感觉很不安，对本堂的身份产生了怀疑。
462黑衣组织的影子 年幼的目击者，
一个孩子目击某歌星被人从桥上扔下，本堂用和水无一样的摸脉搏测谎术，引起了柯南的怀疑。
463.黑衣组织的影子 奇怪的照明，
本堂数次想让毛利等人想起水无的事情来获取信息，但是都被柯南看出并把话题岔开。
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬，
本堂故意引诱毛利注意到一个小孩家发生的奇怪事件，这个小孩正是目击水无怜奈受伤的小孩，他说他的母亲生前曾经和奇怪的外国女人对话，打听水无怜奈的去向。
465.黑衣组织的影子 珍珠流星，
在那个小孩就要说出摔下摩托车的就是主持人水无怜奈时，柯南及时用假面超人将话题岔了开去。柯南通过外国女人对孩子的回答"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"推测出这个女人就是VERMOUTH。另外本集GIN所说的水无取得BOSS信任的事件也表明她与一个叫本堂的卧底的死有很大关系。
484-485黑色照片的去向，
服部调查水无未果，但意外发现本堂及其父亲在大阪生活的情况，因为瑛佑小时候曾经和父亲一起去大阪的烧烤屋吃烧烤，其父和店长很谈得来。然而店长已经去世，所以柯南、阿笠博士和灰原决定造访住在东京的店长的孙子家，想从他那里得到些本堂及其父亲的情报。不料在这个模型爱好者西郡家里遭遇了盗窃案件，成功解决后柯南他们终于看到了瑛佑无意间照的照片，照片上看到了瑛佑的父亲，并了解到瑛佑的父亲常和黑西装的外国人打交道，并在Company（＝CIA）工作，曾打入过黑衣组织。
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 扰乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
（是关于FBI，水无怜奈和组织的的）
还有《名侦探柯南剧场版》的；
第5部：通往天国的倒计时
介绍：柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩徽章天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。
一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋长的一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士！不久之后第一个杀人事件发生了…。而且，令人不敢相信的是黑衣组织的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁联络… … ？
而柯南的真正身份会被那些家伙发现吗？且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的劝说，双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。为了查出这场发生在总楼层高300公尺的高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌——也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手——“黑衣组织”展开一场史上最恐怖的攻防战…… ，而哀也相当活跃，凶手也令众人震惊不已，原因更是出乎别人意料，杀人手法也是别具一格，Gin，Vodka等人也会出现，爆炸场面惊心动魄，可以说这是剧场版的一个巅峰。
柯南一行人及高木前往超高层摩天大楼参加落成典礼，另一方面，大概知道工藤新一还活著现身在这典礼上，黑衣组织全员出动，在这典礼上杀害数条人命，同时命令灰原哀暗中地进行另一项破坏计划，那就是将这大楼给炸毁,不留活口。当灰原完成任务后，打电话给琴酒说："任务已经完成了",在一栋300层的双摩天大楼里，灰原哀引爆大楼里的变电器，使得整栋大楼大停电，引起大家的恐慌，纷纷透过空中走廊逃往隔壁大楼避难，唯独小兰困在该大楼而没逃出来，空中走廊被爆炸的威力给炸断，但又必须救出小兰，因此柯南利用他的滑板飞越这天际到爆炸的大楼里，成功地将小兰给救出，但走廊炸断了，滑板也无法让两人成功地飞越这天际，小兰便想到利用蹦极的方法带著柯南从高处往下跳……
还有即将十月上映的的第13部《漆黑的追踪者》
001云霄飞车杀人事件(变小) 005 新干线大爆破事件 043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小) 048~049外交官杀人事件(平次登场，第一次恢复) 054 电玩公司杀人事件 230~231 诡密的乘客(扮成新出医生的贝尔摩) 057~058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份) 128黑暗组织10亿元抢劫事件 129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件(哀登场) 176~178 与黑暗组织的再会 188~193 危命的复活 (哀研制出实验药品，新一短暂恢复) 219 名侦探的会集！新一vs怪盗KID (KID知道新一身份) 258~259 来自芝加哥的男子(FBI头头登场) 284~285中华街雨中的似曾相识 286~288工藤新一NY事件(这几集是小兰的回忆，和秀一以及贝尔摩第一次见面) 307~308 遗留下来的无声证言(发现黑暗组织的线索) 309~311 与黑暗组织的接触 340~341 厕所隐藏的秘密 345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间(水无怜奈登场，小五郎受到怀疑，若不是秀一就挂掉了) 加上491 红与黑的碰撞 开始 492 红与黑的碰撞 血缘 493 红与黑的碰撞 疾呼 494 红与黑的碰撞 冥土 495 红与黑的碰撞 昏睡 496 红与黑的碰撞 入侵 497 红与黑的碰撞 觉醒 498 红与黑的碰撞 搅乱 499 红与黑的碰撞 伪装 500 红与黑的碰撞 遗言 501 红与黑的碰撞 嫌疑 502 红与黑的碰撞 洁白 503 红与黑的碰撞 决死 504 红与黑的碰撞 殉职
